John Knox a la chance de pouvoir faire des études à Glasgow, il commencera comme notaire, fera aussi des études de théologie et sera ordonné prêtre en 1536.

C’est dans ce contexte que les colporteurs de la Bible, envoyés par Wycliffe, parcourent les campagnes. Dans l’obscurité ambiante, la lecture de la Bible est autorisée. John Knox la découvre et est émerveillé de rencontrer dans le texte inspiré une autorité sans faille.
Les idées de Luther circulent, et ceux qui prêchent la Réforme sont arrêtés, condamnés au bûcher, par exemple George Wishart, brûlé vif en mars 1546 qui fut pour lui un modèle de foi et de courage.
John se réfugie alors au château de Saint Andrews, à Edimbourg, mais les troupes françaises l’assiège et s’en empare. John Knox fera parti des déportés. Dans la galère où il fut enchaîné il a vécu une terrible épreuve, mais sa foi n’est pas ébranlée. Car chaque jour ce sont les coups ou les flatteries pour lui faire renier sa foi, mais rien n’y fait au contraire sa foi grandit.
Il devrait y rester 18 mois, libéré en février 1549, il se rend en Angleterre où il est bien accueilli par le roi Edouard VI.
Celui-ci en fait son chapelain. En 1152 il épouse Marjory Bowes.

Le roi mourut prématurément, ce qui forcera John Knox à s’enfuir à nouveau, il restera surtout à Genève pour rencontrer Calvin, avec lequel il découvre de nombreux points communs. Il prêchera dans la communauté des anglais. Puis l’appel pour sa terre natale étant plus fort il retourne en Écosse en janvier 1559, l’heure de la réforme a sonné…

Il prêche sans relâche, les partisans de la réforme augmentent considérablement, mais peu osent afficher ouvertement le changement opéré dans leur cœur, car la très catholique Marie Stuart est arrivée au pouvoir.
Aussi beaucoup continuent à suivre le culte catholique romain. Lorsque John Knox parvient à les convaincre de quitter l’église, alors ce sont les foudres du clergé contre lui. Il est donc cité à comparaître. Le soutien de quelques puissants du pays lui évitent une condamnation. Mais la reine intervient, l’accusant de multiples façons, entre autre, d’entraîner les Écossais à pratiquer un autre culte que celui de leurs pères.

Pour la reine il ne faut rien changer du culte catholique romain, mais John Knox reste inflexible, il continuera à répandre la réforme. Après une entrevue dramatique avec lui, Marie Stuart dira à l’ambassadeur de sa cousine Elizabeth d’Angleterre que l’Ecosse est trop petite pour les contenir tous les deux, le réformateur et elle.
Elle le fait comparaître pour trahison devant le Conseil privé, car il a convoqué l’Eglise à une manifestation à la suite de l’arrestation de deux protestants. Knox retourne les juges et triomphe.

En conséquence de quoi en 1560 le parlement Écossais rejeta l’autorité du pape, interdit la célébration de la messe et adopta une confession de foi protestante.

Cela fut possible car ils se débarrassèrent de l’hégémonie française matérialisée par Marie Stuart, 1542-1587, qui d’ailleurs fut emprisonnée en Angleterre par sa cousine, la reine Élisabeth. Elle fut exécutée après avoir été condamnée pour trahison en 1587.

Marie Stuart dit qu’elle craignait plus les prières de John Knox que toutes les armées de la reine Elizabeth.

La réforme Écossaise, sous l’impulsion de John Knox, transforme l’église de façon définitive, et à travers elle, toutes les autres églises presbytériennes protestante du monde.